冬木市的圣杯被搬運至羅馬尼亞，該地區的一支魔術師向時鐘塔宣戰，并打算成立新的魔術協會。他們利用圣杯系統召喚了七名從者，而時鐘塔利用了大圣杯的‘非常時期機制‘，另外召喚了另一派別的七名從者。而圣杯本身也召喚了一名特殊職階的從者－Ruler。而故事的主線，就圍繞在這紅黑雙方從者/御主之間的戰斗以及和管理者的沖突而展開。