在日本這個國家的黑暗里，有鬼怪棲息著──還有，這黑暗的以神劍除魔的人…… 人世間混亂時，鬼就開始跋扈了！在幕府末期，動亂的時代，因為過激派浪士和暗夜里的鬼關系，首都一片腥風血雨，化成了殺戮之都，因此，幕府為了鎮壓浪士，設立武裝軍事警察「新撰組」。然后針對暗夜里的“鬼”，帶著神劍前往暗夜里除魔的人……組織了「神劍組」！