故事發生在NGC游戲《塞爾達傳說：風之杖》結束數月后，林克、泰特拉和海盜們為了探求新的大陸而出海。不久他們發現了一艘籠罩在迷霧之中的遇難船只，泰特拉只身前去調查結果遭遇危險，而想要營救泰特拉的林克卻墜落海中。林克漂流到一座神秘的島嶼，在海浪聲以及精靈的鳴叫中蘇醒過來。于是，林克在妖精的幫助下，向著泰特拉出事的那片海域出發……