這是一個人類與脫離大地的魔甲蟲共存，并且互為死敵的世界。而男主角奏多英司原本是S128特務小隊的王牌，被譽為“黑之劍圣”。可是如今他卻被當成“特務小隊的叛徒”，而前往后方成為連戰連敗的E601小隊的教官。而等待他的，則是三名并不算好伺候的少女：聰明而性格惡劣的理子·弗拉梅爾、如同小動物一般膽小的瑞庫迪·艾森納赫和正義感很強的小隊長美空·惠特迪爾。那麼奏多英司的命運，究竟又如何呢……