有一天，主人公黑羽快斗得知8年前被秘密組織陰謀殺害的父親——黑羽盜一就是怪盜基德。為了查找那個組織的真相，他繼承了怪盜的職業和名字，自己成為怪盜基德。在某個事件中，他得知父親的敵人——秘密組織在圖謀長眠于大批珠寶中的可獲長生的“命運之石潘多拉”，為了粉碎他們的陰謀，他現在以比組織更早一步找到“潘多拉”為目標（因此，他的主要獵物都是與寶石相關的東西）