在末日后的未來里，煩惱于能源不足的人們在深海中發現了擁有微弱放射線而且能生產出無限能源的「魔石」。 為了探索發掘更多傳說「封印著人類的靈魂」的魔石，少女和機器人依然在深海中努力著。