某天早上，碇真嗣偶然間撞到了圍繞著眾多謎團的神秘轉學生“綾波零”…糾纏在真嗣、零、以及青梅竹馬明日香三人之間的情愫將會如何發展？改編自電玩游戲“新世紀福音戰士:鋼鐵的女友2nd”的“校園版ＥＶＡ”終于以少女漫畫型式揭開序幕！