在前作中，索拉為了世界和平，不得不拋下迪士尼城國王（米老鼠）以及好友莉可而將門關上。不過關門前國王說會找到光之門逃脫的，因此索拉與唐老鴨和高飛狗踏上尋找國王與莉可的旅程。途中索拉他們遇上不知名的神秘黑衣人，引導他們到達一座神祕城堡，而國王與莉可也曾經到過這棟城堡。索拉在城中發現關于旅行目的之重要關鍵，可是卻開始失去記憶…… 一年后，在不是白天也不是晚上的曙光鎮（Twilight Town），故事從一位少年身上再度展開。神祕組織 XIII 機關、再度來襲的危機，最后等著索拉的究竟會是……？