公元2631年9月12日，一顆神秘的隕石墜落在新西蘭附近的加爾加群島上。兩年以后的2633年12月，聯邦軍司令部得到消息，說一個叫做“紅鷹”的武裝組織開始把加爾加群島地區修建成一個發動異型侵略戰爭的基地。于是，防衛軍“魂斗羅”成員比爾·雷澤【Bill Rizer（ビル・ライザー）】和蘭斯·比恩【Lance Bean（ランス・ビーン ）】被送去破壞對方的計劃。這次行動獲得圓滿成功，但是海軍部門將有關這次事件的信息作為高度機密，完全未向大眾公布。