宇宙世紀0079年,吉發公國對地球聯邦政府發起了獨立戰爭。少年阿姆羅．雷在一場戰亂中,意外的撿到鋼彈,并以它擊退了吉翁的薩克。紅色彗星夏亞潛入月神二號基地,并且炸毀基地動力來源,使基地癱瘓。白色基地被迫離開月神二號,準備航向地球,但卻冷不防再度遭到夏亞的偷襲。