在作品的時代中，許多男性因環境荷爾蒙喪失生殖能力，依然擁有生殖力的男性就成了國家保護的對象，被迫為人類的存續成為SEED。櫻井直在成為SEED之后一直感到無所適從。 因此一直向第一次與他進行性行為的夏芽學姊尋求問題的解答，而夏芽學姊也教會了他生命的可貴。但是有一天，夏芽學姊卻表示要拿掉他們兩人的孩子…