西元2176年,距離地球二十光年遠的海蛇座β星發生超新星爆炸,產生的電磁風暴對地球造成重大的傷害,殘馀的人們團結起來重建地球,但也觀測到180年后會有第二波的沖擊,便合作擬定應付對策。后來在太陽系各處設置了稱為「Fundation」的宇宙基地訓練大批宇宙飛行員,而主角年僅15歲的少女片瀨志麻便是為了成為宇宙飛行員而來到了名為「stellvia(注)」的Fundation…… 注：stellvia是佐藤龍雄監督的造語,將拉丁文中的星(stella)取字首(stell)和路(via)合在一起,其意為「星之路」。