故事發生在二十一世紀末的日本。魔法，這不是一個傳說，而是現代科學的一項技術。它被應用至今已經過了一個世紀。曾經被稱為“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”這個名字的體系替代，高超的魔法師被認為是國家的實力。西歷 2095 年的春天，新生入學的季節。國立魔法大學附屬第一高校——通稱“魔法科高校”，是由成績優秀的“一科生”，和作為一科生替補的“二科生”所構成，他們也各自被冠上了“花冠（bloom）”，以及“雜草（weed）”之名。就在這樣的魔法科高校里，一對兄妹入學了。 來訪者篇，開幕！