在第三次圣杯戰爭過后，御三家愛因茲貝倫、遠坂、馬奇里處于虛弱無力的狀態，大圣杯系統因而被納粹勢力所奪取，后來又被其他的魔術師搬運至別處。冬木市的圣杯戰爭也迎來了終結。 圣杯戰爭的資訊被公布，此后在世界各地都發生了圣杯戰爭的“亞種”，召喚英靈變得稀松平常。然而這些亞種的圣杯戰爭召喚的英靈數量有限，且無法到達根源。 冬木市的圣杯被搬運至羅馬尼亞，該地區的一支魔術師向時鐘塔宣戰，并打算成立新的魔術協會。他們利用圣杯系統召喚了七名從者，而時鐘塔利用了大圣杯的“非常時期機制”，另外召喚了另一派別的七名從者。而圣杯本身也召喚了一名特殊職階的從者－裁定者（Ruler）。而故事的主線，就圍繞在這紅黑雙方從者/御主之間的戰斗以及和管理者的沖突而展開。