季節經過，馬上到了第二年的春天——。劣等生哥哥和優等生妹妹。兩人在魔法科高中生活的第一學年即將結束。 達也和深雪等人利用春假期間，前往小笠原諸島的某所別墅度假。 在短暫的休息當中伸展羽翼的達也等人。但，在這樣的達也等人面前，一位名叫“九亞”的少女現身了。 從海軍基地脫逃的這位少女，向達也傳達了一個請求——