東京鐵塔上，三個不相識的女孩在一道強光下，突然掉在半空中。名為古列夫的魔導師告訴女孩們說，只有成為魔法騎士拯救錫菲羅，她們才能回到原來的世界。 錫菲羅是個是一個充滿意志力的世界，“意志力”可突破一切的限制。錫菲羅的世界架于一個所謂“支柱”結構上，在支柱“艾美諾公主”祈禱下，世界一片祥和。 她們在任務之中遇到了相當多的敵人和磨難，也使她們三人的感情越來越好。 但真正的內幕是。 艾美諾愛上了神官謝加圖，支柱是不能有私心的。而謝加圖，也只想保護心愛的人。所以艾美諾選擇自我毀滅為解脫。 艾美諾真正的愿望是希望魔法騎士殺了她，來成全她和謝加圖。完成了公主的愿望后，三人便一起回到現實的世界。可是事情并未因此而結束。失去支柱的錫菲羅慢慢步入崩潰。這個時候魔法騎士決定再次到錫菲羅幫忙。小光時常夢見露華和迪波妮亞(新的敵人)。這表示有不好的預感。這時有三個國家知道錫菲羅失去支柱的消息，紛紛都來進攻錫菲羅以奪取支柱的系統。 謝加圖之弟蘭迪斯及其好友伊格爾懷著各自的目的，探求“支柱之路”的秘密。 成為“支柱”，不允許愛上任何人，注定孤獨一生，只能為了這個世界的幸福日夜祈禱，然而，又有誰、又有誰來守護這個少女的幸福，又有誰為這個少女而祈禱？支柱，這個殘酷的制度到了該終結的時候，維護這個世界的幸福是所有人的責任。