最強的思考型機器人、非正規機器人獵人第十七隊之精銳部隊的隊長──釋瑪，突然向世界宣戰叛亂。兩位新的獵人成員： X 與阿零，一同將釋瑪消滅人類、建立只有思考型機器人國度的計劃破壞，世界亦回復和平，但，零也犧牲了自己的性命…… 第一次思考型機器人大戰后六個月──非正規機械發生暴亂的事件不降反升，經獵人總部調查后，證實在某一處荒漠中有一座廢棄工廠被重修并制造充滿惡意的機械，而生產出來的制成品中，皆裝有刻上釋瑪標志的芯片。剛剛上任獵人第十七精銳部隊的 X 帶隊調查，成功破壞該工場。 不久，一個自稱反擊獵人的組織向 X 宣稱擁有零的身體部件，并向 X 作出挑戰：打敗八位反亂的思考型機器人。的確，凱恩博士正擁有著零的芯片，是在上一次大戰中奇跡無損的。同時，這也意味著，誰能擊倒對方，就能夠奪取零的部件并將其復活。 一方為了朋友，一方為了野心，一場新的戰斗，一切即將爆發……