又名:新世紀福音戰士EVA公元2004年，三歲的碇真嗣被帶到位于箱根的人工進化研究所（GEHIRUN的對外名稱）地下第二實驗場，親眼目睹了自己的母親在初號機中化為次量子狀態（同步率百分之四百）。不久之后，碇源渡將小真嗣托付給了住在遠方的一位老師，父親絕情離去的背影成為了真嗣心中的惡夢，在長大后仍不斷躍出腦海...... 但他并不知道父親與其背后的Seele正在從事的浩大工作。第二次沖擊后，位于日本相模灣邊的箱根地區下的巨大球形空間內，成百萬噸的沙土被移走，地表中裝置了二十二層裝甲防護，可謂是固若金湯，人類進化研究所就以此為基地，Lilith則被釘在了更深地層下的中央教條區中。作為人類補完計劃的補助，平行實行了E計劃，從南極運來的已經失去S^2機關的第二使徒被裝上了拘束裝甲，成為人類未來補完的重要工具——EVA初號機，并且對其進行仿制得到了一部沒有靈魂的EVA零號機。然而沒有靈魂同步的EVA便無法使用，唯一的辦法是提取Lilith的靈魂物質制造了一個擁有使徒能力的克隆人，并使其聽命于人類。 與此同時，人類補完計劃與E計劃的主要實施者之一的碇唯卻在暗中計劃反叛seele，她試圖挽救人類渡過未來的第三次沖擊，于是利用初號機融合實驗的機會，主動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計劃的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感震驚，但他很快開始因勢利導實行自己的一套補完方案，將零號機克隆人的Lilith靈魂物質中摻入碇唯的粒子體，甚至使其相貌也模 馬 唯，這一制造過程是通過Dummy System實現的，通過這個系統可以由一個主體克隆出無數個分身，分享同一個靈魂。于是，The First Children——零號機專屬駕駛員——凌波麗誕生了。絕對服從源渡的她，將剛剛制造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭罵后隕命，而被利用完畢的赤木博士也隨之自殺身亡。另外一個被利用的人是EVA二號機的研制員，她的靈魂被二號機強行剝奪了一部分導致其精神分裂，其女明日香則被選為The Second Children——建造中的二號機專屬駕駛員。對源渡來說二號機難以控制，甚至可能是Seele安放在他身邊的制衡力量，因此他試圖將最重要的初號機交給自己的兒子以便控制。但將真嗣選為The Third Children卻必然招至Seele反對，因此源渡不得不耐心等待機會。